После выгрузки проекта с CubeMX необходимо настроить наш отладчик ST-Link для загрузки кода в микроконтроллер.
В Workbench’е:

- Открываем сверху вкладку RUN
- Далее RUN Configurations
- В открывшемся окне открываем вкладку Debugger
- Выбираем Reset Mode: Software system reset
- Остальное как на рисунке
И так должно быть в каждом проекте Workbench
В Keil’е 5:

- Открываем сверху вкладку Project
- Далее Options for Target
- В открывшемся окне открываем вкладку Debug
- Выбираем наш отладчик
- Далее заходим в меню Settings
- В открывшемся окне открываем вкладку Flash Download
- Ставим галочку на чекбоксе Reset and Run
